基本上二者都是靈芝產物，但二者有很大的不同，所謂菌絲體，就類似植物的根部；所謂子實體就是類似植物的株或果實。

 

　　在培植方面，菌絲體可以用深層培養發酵液 (把醣類、澱粉類溶於水中)，把靈芝菌種植於其中，約需6天便能生產完畢，從準備到收成的整個過程，約需20來天。原料取得方面，一般廠商往往是把固體與液體分離後，把固體物冷凍乾燥後，研磨成粉，便是菌絲體原料。其宣稱多醣最高，其實是指靈芝菌絲多醣與培養液中的澱粉及醣類的總多醣，(所有澱粉都叫多醣。)。這樣的總多醣與純靈芝高分子多醣是不能同日而語的。而醫學上所証實的多醣能提高或調節人體免疫力等。是針對靈芝高分子多醣而言。

 

　　靈芝子實體的人工培植是以木屑、米糠作為培養基，所需成長時間約100天，從準備到收成需要近一年之久。所以，二者培植方式不同，所需時間不同，人力物力成本不同，收成的原料不同；特別是液體培養與固體培植的發育成長不同，其代謝物亦不同，如很有藥用價值的三䊵類Triterpenoids在液體培養中幾乎不存在。最後要強調的是，自古人類運用靈芝的歷史經驗及大量的學術研究記載都是子實體，而非菌絲體。所以對人體健康的保健與藥用價值也各不相同，不宜混為一談。